Tháng 9 dương lịch năm 1792, vua Quang Trung mất, con là Quang Toản lên nối ngôi, tức là Cảnh Thịnh đế. Khi đó nhà Tây Sơn đang đối đầu với lực lượng lớn mạnh trở lại của Nguyễn Ánh - người thừa kế ngôi chúa của họ Nguyễn ở Đàng Trong.

Thời Cảnh Thịnh, triều đình Tây Sơn sinh ra lục đục. Nguyễn Ánh nhân thời cơ đó kéo ra đánh bại nhà Tây Sơn. Mười năm sau ngày Quang Trung qua đời, nhà Tây Sơn mất chủ quyền. Để trả thù nhà Tây Sơn, Nguyễn Ánh đã sai đào và san phẳng mộ Nguyễn Huệ và Nguyễn Nhạc, tán hài cốt thành bột nhồi thuốc súng bắn và bỏ xương sọ vào vò, giam cầm trong ngục tối. Người đời thương tiếc nhà Tây Sơn gọi là "Ông Vò". Do sự thù hằn của nhà Nguyễn, nhiều chứng tích về Nguyễn Huệ và nhà Tây Sơn, trong đó có lăng mộ của ông, được xem là đã bị phá huỷ. Một số công trình nghiên cứu gần đây của các nhà chuyên môn muốn nêu ra các giả thuyết về việc an táng ông.